Es el gato más grande de América; el único representante vivo del género Panthera encontrado en el nuevo mundo.

El patrón de las manchas del jaguar se diferencia del leopardo por sus rosetas de mayor tamaño, líneas quebradas alrededor de pequeños puntos negros. De cabeza grande y estructura corpulenta, sus miembros son relativamente más cortos que otros gatos (Gonyea 1976).

El melanismo (exceso de pigmentación negra) genera las panteras negras, con una frecuencia del seis por ciento en el jaguar, que se hereda del dominante genético de color amarillento a través de un gen recesivo de excepción (Deutsch 1975, Dittrich 1979). De ahí que sea difícil encontrar jaguares negros. Los especímenes albinos son raros (Seymour 1989).

Por lo regular, los jaguares del bosque son más oscuros y de talla menor que los que habitan zonas abiertas o la selva.

En la selva tropical de Belice, trece varones dieron un promedio de 57 kilogramos, y siete hembras, 42 (Rabinowitz y Nottingham 1986, Aranda 1990), mientras que en el pantanal brasileño los varones registraron 100 kilogramos promedio (n=24), y de hembras 76 (n=16) (de Almeida 1984). La diferencia de tamaño puede deberse a mayor abundancia de presas grandes de los ambientes abiertos.

Más de 85 especies se han registrado en la dieta del jaguar (Seymour 1989); jabalíes, tapires y venados son sus preferidos, aunque comerá casi cualquier cosa que puede atrapar, y en la selva tropical tomará la especie de presa de mamíferos en proporción con su disponibilidad (Rabinowitz y Nottingham 1986, Emmons 1987).

En la selva tropical abundan los grandes herbívoros, más que en regiones abiertas, donde forman grupos y se congregan cerca del agua; de ahí que la dieta del jaguar en la selva tropical y en arbolados de la sabana refleje esta diferencia en la disponibilidad y la vulnerabilidad de la presa (Emmons 1991).

En muchas áreas, el ganado vacuno o caprino invade el hábitat primario del jaguar; al escasear los herbívoros salvajes, el ganado se convierte en alimento frecuente (A. Almeida en Hoogesteijn y otros 1993) (Hoogesteijn y Mondolfi 1992), que se traduce en ejemplares cazados por ganaderos.

Los jaguares son los únicos gatos grandes que matan regularmente la presa (en especial jabalíes) perforando el cráneo con sus colmillos (Schaller y Vasconcelos 1978, Mondolfi y Hoogesteijn 1986, Crawshaw y Quigley). Emmons (1987) señala que sus colmillos masivos son una adaptación para abrir piezas acorazadas, como tortugas de tierra y de río. Esto sugiere que, siguiendo las últimas extinciones de herbívoros gigantes en el Pleistoceno, el jaguar y el puma fueron los únicos sobrevivientes de cinco géneros de felinos que habitaban América, y se especula que el jaguar evolucionó para aprovechar una base superabundante de reptiles de agua. Aunque el jaguar se haya caracterizado como cazador nocturno (e.g. Nowak y Paradiso 1983), la radiotelemetría ha demostrado que son activos durante el día, sobre todo alrededor del amanecer y del atardecer; vigilantes del 50 al 60 por ciento de cada período de 24 horas (Schaller y Crawshaw el año 80, Rabinowitz y Nottingham 1986, Crawshaw y Quigley 1991).

Crawshaw y Quigley (1991) anotan que el recorrido diario es mayor para un macho que para una hembra. Ambos sexos tienden a viajar más lejos durante la estación seca.